โรงเรียนวัดโสธร จัดตั้งโดยหลวงอำนวยศิลปศาสตร์ธรรมการมณฑลปราจีน ตั้งแต่วันที่ ๑ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๔๖๗ อยู่ในความควบคุมดูแลของ อำมาตย์ขุนอภิรามจรรยา ครูใหญ่โรงเรียนประจำมณฑลปราจีนบุรีฉะเชิงเทรารังสฤษฎิ์ โดยใช้ชื่อว่า “โรงเรียนวัดโสธร” ขึ้นกับโรงเรียนประจำมณฑลปราจีนบุรีฉะเชิงเทรารังสฤษฎิ์ ได้อาศัยศาลาวัดโสธรวราราม เป็นสถานที่ทำการสอน ในครั้งแรก มีครูประจำเพียง ๒ คนเท่านั้น คือ นายง่วนฮก เจียมอาตม์ และ นางฉวี สิงหเสนีย์
วันที่ ๑ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๔๗๐ โรงเรียนวัดโสธรได้โอนจากโรงเรียนประจำจังหวัดไปเป็นโรงเรียนประชาบาล ประจำตำบลหน้าเมือง ๑ (วัดโสธร)โดยเปิดสอนตามหลักสูตรประถมศึกษา
วันที่ ๒๐ ตุลาคม พ.ศ. ๒๔๗๙ โอนมาอยู่ในความดูแลของเทศบาลเมืองฉะเชิงเทรา โดยใช้ชื่อว่า “ โรงเรียนเทศบาล ๓ วัดโสธร ” เปิดสอนตามหลักสูตรของกระทรวงธรรมการ
เนื่องจากโรงเรียนอยู่ในเขตเทศบาล ใกล้ที่ทำการขององค์การปรับปรุงส่งเสริมการศึกษาจังหวัดฉะเชิงเทรา ทางราชการจึงได้จัดให้เป็นโรงเรียนทดลองการศึกษาแผนใหม่ เมื่อ พ.ศ. ๒๔๙๔มีอาจารย์และผู้เชี่ยวชาญทั้งคนไทยและต่างประเทศมาแนะนำ และควบคุมการศึกษาในโรงเรียนจนเจริญขึ้น ระยะนี้คณะครูจากหน่วยงานต่าง ๆ มาดูงานโรงเรียนเป็นจำนวนมาก
วันที่ ๑ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๔๙๖ โรงเรียนได้อาคารประกอบ (หอประชุม) ๑ หลัง ส่วนอาคารเรียนก็ได้ปรับปรุง ทำการซ่อมแซมให้แล้วเสร็จในเวลาต่อมา
วันที่ ๒๗ มิถุนายน พ.ศ. ๒๔๙๗ โรงเรียนได้เริ่มสร้างอาคารเรียนจนแล้วเสร็จ เมื่อ วันที่ ๒๗ กุมภาพันธ์ ๒๔๙๘ และได้ใช้เป็นสถานที่เรียนเมื่อวันที่ ๑ มีนาคม พ.ศ. ๒๔๙๘
ใน ปีพ.ศ. ๒๕๐๓ โรงเรียนได้เข้ามาอยู่ในข่ายของโครงการการปรับปรุงพัฒนาการศึกษา (ค.พ.ศ.) ได้รับเงินงบประมาณจากโครงการ ด.พ.ศ. และมี T.A. จาก USOM และ ผู้ประสานงานจากศูนย์พัฒนาการศึกษาส่วนกลางมาให้คำแนะนำอยู่เสมอ
วันที่ ๒๐ เมษายน พ.ศ. ๒๕๐๘ พระเดชพระคุณท่านเจ้าคุณพระพรหมคุณาภรณ์ (ครั้งที่มีสมณศักดิ์เป็นพระพุทธิรังสี) เจ้าอาวาสวัดโสธรวรารามวรวิหาร ได้ออกตรวจบริเวณสถานที่ต่าง ๆ ของบริเวณวัด โดยเฉพาะโรงเรียนเห็นว่าโรงเรียนวัดโสธรเดิม มีนักเรียน ๘๙๔ คน มีครู ๒๐ คน สังกัดกรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ทำการสอนตั้งแต่เด็กเล็ก ถึง ชั้นประถมปีที่ ๗ มีห้องเรียนทั้งหมด ๒๑ ห้อง ตั้งอยู่ริมน้ำสถานที่คับแคบมากเต็มไปด้วย สิ่งปฏิกูล นักเรียนต้องไปแออัดในห้องประชุม ในขั้นแรกได้สร้างอาคารเรียนชั่วคราว ๑ หลัง ๔ ห้องเรียน แต่ก็ยังไม่เพียงพอกับจำนวนนักเรียน จึงจะต่อเติมอาคารเดิมให้ดีขึ้น แต่เนื่องจากสถานที่คับแคบ ไม่มีทางขยายออกได้ประกอบกับทางด้านหน้าโรงเรียนติดกับแม่น้ำบางปะกง ถูกน้ำกัดเซาะพังอยู่ทุกวัน ไม่มีทางปรับปรุงหรือขยายต่อได้ ท่านจึงมีแนวคิดที่จะสร้างอาคารใหม่ โดยเริ่มซื้อที่ดินทางทิศเหนือของวัดได้ประมาณ ๑๘ ไร่
ต่อมาเมื่อวันที่ ๓ มิถุนายน ๒๕๐๙ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ฯ พร้อมด้วยสมเด็จฯ พระนางเจ้าพระบรมราชินีนาถ และ พระเจ้าลูกเธอเจ้าฟ้าหญิงอุบลรัตน์ราชกัลยา ฯ ได้เสด็จมา วัดโสธรวรารามฯ ในโอกาสนี้ได้พระราชทานทุนทรัพย์ซึ่งเป็นเงินที่ชาวบ้านทูลเกล้า ฯถวาย เป็นทุนประเดิมจำนวน ๙๕,๙๒๑.๐๐ บาท (เก้าหมื่นห้าพันเก้าร้อยยี่สิบเอ็ดบาท ) เพื่อปรับปรุงโรงเรียนวัดโสธร ต่อมามีผู้บริจาคสมทบโดยเสด็จพระราชกุศลเพิ่มเติม สามารถซื้อที่ดิน ขยายได้เป็น ๓๐ ไร่ ๓ งาน ๖๑ ตารางวา เริ่มทำการก่อสร้างโรงเรียนประมาณ ต้นเดือนสิงหาคม พ.ศ . ๒๕๑๐ เป็นอาคารทรงไทย ๓ ชั้น มี ๓๐ ห้องเรียน กว้าง ๑๐ เมตร ยาว ๘๐ เมตร ใต้อาคารเป็นถังเก็บน้ำฝนลึก ๓ เมตร ครั้นการก่อสร้างเสร็จสมบูรณ์ จึงมีหนังสือขอพระราชทานพระปรมาภิไธยย่อ “ภปร” ประดิษฐานไว้ที่หน้าบันอาคารเรียน และ โปรดเกล้า ฯ พระราชทานชื่อโรงเรียน ที่สร้างใหม่ว่า “ โรงเรียนวัดโสธรวราราวรวิหาร ” พร้อมทั้งเสด็จพระราชดำเนินทรงเปิดอาคารเรียน เมื่อวันที่ ๒๐ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๑๒
ในปี พ.ศ. ๒๕๑๒ พระเดชพระคุณท่านเจ้าคุณพระพรหมคุณาภรณ์ (ครั้งที่มีสมณศักดิ์เป็น พระพระธรรมเสนานี ) ได้มีหนังสือขอเปิดชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ แต่ยังไม่ได้รับอนุมัติเป็นทางการ จนกระทั่งใกล้เริ่มปีการศึกษา ๒๕๑๓ โรงเรียนพุทธโสธร จึงได้เปิดทำการสอนเป็นวันแรก เมื่อวันที่ ๒๐ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๑๓ โดยได้รับนักเรียนที่สำเร็จการศึกษาจากโรงเรียนวัดโสธรฯ เข้าเรียนต่อในชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ จำนวน ๒ ห้องเรียน มีนักเรียน ๕๔ คน เป็นชาย ๒๙ คนและหญิง ๒๕ คน ต่อมากระทรวงศึกษาธิการจึงอนุมัติประกาศตั้งเป็นโรงเรียนรัฐบาลระดับมัธยม ศึกษาตอนต้น ตามหนังสือจังหวัดฉะเชิงเทราที่ ฉช ๒๓/๘๙๒๓ ลงวันที่ ๑๕ มิถุนายน ๒๕๑๓๒ และได้อาศัยอาคารสถานที่ร่วมกับโรงเรียนวัดโสธรฯ มาโดยตลอด โดยอาจารย์ใหญ่โรงเรียนวัดโสธรฯ ได้รับแต่งตั้งให้รักษาการในตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนพุทธโสธรอีกตำแหน่ง หนึ่ง
ในปี พ.ศ. ๒๕๒๒ พระพรหมคุณาภรณ์ (จิรปญฺโญ ด.เจียม กุลละวณิชย์) ได้เริ่มก่อสร้างอาคารเรียนให้ใหม่ เป็นอาคาร ๒ หลังติดกันมี ๗๒ ห้องเรียน (อาคาร ๑ และ อาคาร ๒) โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อน้อมเกล้า ฯ ถวายเป็นอนุสรณ์สถานในการสมโภชกรุงรัตนโกสินทร์ และ พระบรมราชวงศ์จักรี ครบ ๒๐๐ ปี ทั้งได้ขอรับพระราชทานพระปรมาภิไธยย่อ “ภปร” ประดิษฐานที่หน้าบันอาคารเรียนโรงเรียนพุทธโสธร และ ได้รับพระราชทาน เมื่อวันที่ ๑๖ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๒๒ ในวันที่ ๑ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๒๓ โรงเรียนวัดโสธรวรารามวรวิหาร ได้โอนจาก กรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ไปขึ้นกับสำนักงานคณะกรรมการประถมศึกษาแห่งชาติกระทรวงศึกษาธิการ
ในปีการศึกษา ๒๕๒๖ โรงเรียนพุทธโสธร ได้รับอนุมัติจากกระทรวงศึกษาธิการให้เปิดเรียนระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย
ต่อมา ในวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ เจริญพระชนมพรรษาครบ ๕ รอบได้สร้างอาคารอเนกประสงค์ หอสมุด พิพิธภัณฑ์สถาน ภูมิพลอดุลยเดชมหาราช น้อมเกล้า ฯถวาย อีก ๑ หลังประกอบด้วย
ชั้นล่าง เป็นห้องโล่งใช้เป็นที่ประชุมนักเรียน ประชุมพระสังฆาธิการและจัดงานต่าง ๆ
ชั้นที่ ๒ เป็นห้องสมุดให้ นักเรียนและประชาชนทั่วไปได้เข้าศึกษาหาความรู้
ชั้นที่ ๓ เป็นพิพิธภัณฑสถาน ใช้เป็นที่รวบรวมของเก่าล้ำค่า หาดูยากไว้ให้ศึกษาค้นคว้าสืบไปโดยพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ เสด็จพระราชดำเนินทรงเปิดอาคารเมื่อวันที่ ๑๙ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๑ ตามเจตนาเดิมของ พระพรหมคุณาภรณ์
พระพรหมคุณาภรณ์ (จิรปญฺโญ ด.เจียม กุลละวณิชย์) มีความประสงค์ที่จะให้รวม โรงเรียนวัดโสธรวรารามวรวิหารและโรงเรียนพุทธโสธร ทั้งสองเป็นโรงเรียนเดียวกัน เพื่อให้การบริหารทางวิชาการ ทางกิจกรรม และการปลูกฝังอบรมบ่มนิสัย ด้านคุณธรรม จริยธรรม ให้แก่เด็กอยู่ในแนวทางเดียวกันและเป็นไปอย่างต่อเนื่อง นอกจากนี้โรงเรียนทั้งสองยังอยู่ในบริเวณเดียวกันอีกด้วย
ต่อมาจึงได้มีการแต่งตั้งคณะทำงานพิจารณาการรวมโรงเรียนขึ้น เมื่อวันที่ ๑๓ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๓๓ ซึ่งมีปัญหาติดขัดในแง่กฎหมาย แต่ในที่สุดก็ได้แนวทางรวมโรงเรียนโดยมิต้องแก้กฎหมายในรูป “โครงการรวมโรงเรียนพุทธโสธรและโรงเรียนวัดโสธรวรารามวรวิหาร” และในวันที่ ๑๒ กันยายน พ.ศ. ๒๕๓๕ คณะรัฐมนตรี มีมติเห็นชอบในหลักการที่กระทรวงศึกษาธิการเสนอให้โรงเรียนพุทธโสธรและโรง เรียนวัดโสธรวรารามวรวิหาร รวมเป็นโรงเรียนเดียวกัน โดยใช้ชื่อว่า
“โรงเรียนพุทธโสธร” สังกัดกรมสามัญศึกษา จัดการเรียนการสอนเป็นแบบพิเศษ เปิดสอนทั้งระดับประถมศึกษาและระดับมัธยมศึกษา
โรงเรียนวัดโสธรวรารามวรวิหารกับโรงเรียนพุทธโสธร ซึ่งเคยอยู่รวมกันมาตั้งแต่ พ.ศ. ๒๕๑๓ – ๒๕๒๗ มีผู้บริหารคนเดียวกันมาเป็นเวลา ๑๓ ปี แต่ต้องแยกจากกันตามพระราชบัญญัติโอนกิจการบริหารโรงเรียนประชาบาลของ องค์การบริหารส่วนจังหวัดและโรงเรียนประถมศึกษาของกรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการไปเป็นของคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ กระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. ๒๕๒๓ มาตรา ๑๒ , ๑๓ และมาตรา ๑๔ ได้มีโอกาสกลับมารวมกันอีกครั้งหนึ่ง ตามมติคณะรัฐนมตรี เมื่อวันที่ ๑๒ กันยายน พ.ศ. ๒๕๓๕ โดยคณะกรรมการการประถมศึกษาจังหวัดฉะเชิงเทรา ได้ประกาศเลิกล้มกิจการโรงเรียนวัดโสธรวรารามวรวิหาร เมื่อวันที่ ๑๑ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๖ โดยมีผลตั้งแต่วันที่ ๑๐ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๓๖
เมื่อวันที่ ๘ เมษายน ๒๕๕๔ พระราชมงคลรังษี เจ้าอาวาสวัดโสธรวรารามวรวิหาร ได้มีลิขิตที่ วสธ ๐๐๘/๒๕๕๔ ลงวันที่ ๑๘ มีนาคม ๒๕๕๔ แจ้งทางโรงเรียนพุทธโสธรให้ทราบมติของมหาเถรสมาคม ในการประชุมครั้งที่ ๖/๒๕๕๔ เมื่อวันที่ ๒๘ กุมภาพันธ์ ๒๕๕๔ ให้โรงเรียนที่ตั้งอยู่ในเขตธรณีสงฆ์หรือในเขตของวัดให้ใช้คำว่า “วัด” นำหน้า ชื่อโรงเรียน ส่วนโรงเรียนที่ตัดคำว่า “วัด” ออกจากชื่อโรงเรียนไปให้กลับนำมาใส่เหมือนเดิมเพื่อเป็นการเชื่อมโยงความ เป็นมาและอุปการคุณที่วัดมีต่อโรงเรียน โรงเรียนได้ดำเนินการเสนอเพื่อขอเปลี่ยนชื่อโรงเรียน และคณะกรรมการการเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต ๖ได้มีมติให้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนพุทธโสธรเป็นโรงเรียนวัดโสธรวรารามวรวิหาร โดยใช้ชื่อซึ่งพระราชทานเดิม ตามหนังสือที่ รล ๐๐๐๒/๓๑๘๔ ลงวันที่ ๗ ตุลาคม ๒๕๑๑
โดยมีผลตั้งแต่วันที่ ๒๐ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๕๔
